在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队。
在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的召募以浙江人为主的戚家军、李成梁李如松父子麾下的辽东铁骑及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑。
明朝改革元朝军事制度，创立了独具特色的卫所制：皇帝独揽军事大权，全国要地设立卫所，军丁世代相继，给养仰赖屯田.此制在维护明朝君主专制主义中央集权的统治中发挥了巨大的作用.军队的统辖与卫所制朱元璋统一全国后，采纳刘基建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害.中央设大都督府.洪武十三年(1380)改为五军(即中、左、右、前、后军)都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍.征讨、镇戍、训练等则听命于兵部.遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征.战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所.这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制.在地方，设都指挥使司(简称都司)，置指挥使，为地方统兵长官.都司之下，在冲要地区的府(含直辖州)、县(州)置卫或设所.一般卫由卫指挥使率领，辖5个千户所，共5600人;千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人，百户所由百户带领，辖2个总旗，共112人;总旗辖5个小旗，共50人;小旗10人.洪武二十六年(1393)，定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个.兵额最多时达270余万人.
以下是明朝的军事领导制度.
以中央军事领导机关来说，起义时期，朱元璋以都元帅身份自主行枢密院事，亲自指挥全盘军事，以后，改行枢密院为大都督府，设大都督一人，名义上是“节制中外诸军事”，其实，一切大小军政，包括军官任免、军队调遣、战役指挥、战略考虑等，都由都元帅决定，大都督府不过是主持后勤给养.军丁军户管理、考绩、马政等日常事务.大都督当然也要统军作战，但只能奉命进止，不许擅作主张.当时，朱元璋在行中书省内设户、礼、刑、工四部，独不设吏、兵二部，正说明人事和军事大权不容假借于人.即使如此，到吴元年(公元1364年)还是对此作了部分的调整，虽然仍保留大都督府，但裁免去大都督一职不设，改设左、右都督、同知都督、副都督、佥都督若干人，均为大都督府的长官.很显然，这样做的目的是为了众设多官而分其事权.
明王朝建立后，在中书省下的六部已有兵部，这对一个统一的封建大帝国来说，是实不可少的.明初，将原来由大部督府掌管的武官任免、考绩、荫袭、军队的训练、后勤给养、军丁军户管理等军事行政工作划归兵部掌管，大都督府仅保留统率全国军队的职权.
到洪武十三年(公元1680年)，在撤废中书省的同时，朱元璋也宣布彻底改组大都督府，将大都督府分设为前、后、中、左、右五军都督府.中书省和大都督府的同时大变动，是当时明王朝中央军政制度大改组的两翼，其重要意义实不相上下.当时还规定，五军都督府互不统辖，应该分别与兵部直接联系工作，而统一奏请皇帝裁定.每一个都督府内又都设有一小群都督，计有左右都督、都督同知、都督佥事、副都督等，俱为负责官员，由朝廷指定各都督府分别统率全国各都司、卫、所，不得随便变动.至仇，统军的部门便一分而为五，领导人更是由一个增加到好几十个.任何统军的都督都绝不可能率本部军兵与朝廷对抗了.
其实，任何一个都督府及其中的任何一个都督，连率领本部军兵的权力也是没有的.因为明王朝还规定：兵部有出兵之令而无统兵之权，五军都督府有统军之权而无出兵之令.有军事行动时，兵部奏请委派某一都督府某一都督率兵出战，而分调其他各都司、卫、所的兵丁归其指挥.军事行动结束，将帅即归回原都督府，兵丁归回原工所建制.这种体制显然是为了防范军权旁落，是为了对将帅们的职权有意掣时，其必然结果是，要付出大大削弱自己军事威力的代价。
明代设在地方统率军队的部门分为都指挥使司、卫、所三级。
都指挥使司又叫都司，是负责一个地区统率军队的领导性机关，辖有若干个卫和所.都指挥使司是省一级“三司”之一，设都指挥使一人，都指挥同知二人，都指挥佥事四人，还根据需要设置若干僚佐胥吏.全国各个都指挥使司分别辖属五军都督府领导.明代的国防制度。
