隆庆六年（1572）五月二十六日，穆宗隆庆皇帝去世。六月初十，皇太子朱翊钧正式举行即位典礼，宣布明年为万历元年。这样他就成了明朝的第十三代皇帝，即神宗万历皇帝。当时他不过虚岁十岁，一切都有赖于“圣母”的调教及张居正的辅佐。

万历皇帝生于嘉靖四十二年（1563）。其生母李氏，顺天府漷县人，随父迁居京城，不久便进入裕王府为宫女，侍候裕王朱载垕。朱载垕即位后，在隆庆元年册封李氏为皇贵妃。次年，朱翊钧被册立为皇太子。李氏又在隆庆二年生了被册为封为潞王的朱翊镠。作为太子和潞王的生母，贵妃李氏的实际地位已经超过了皇后，在万历初期垂帘听政，配合内阁首辅张居正扶助小皇帝，掌控内宫，体现出相当的政治才干。

张居正作为首席辅弼大臣，受到太后李氏的全权委托，以首辅兼帝师的身份，负责教导小皇帝。张居正为教导小皇帝的确也花费了很多的心思。在张居正看来，十岁的小皇帝，每天既要上朝，退朝后又要听讲读书，过于疲劳。所以在处理上朝和讲读的关系时，把讲读放在了第一位。具体的日程是：每逢三、六、九日（含十三、十六、十九以及二十三、二十六、二十九）上朝，其余日子都到文华殿讲读，就是所谓的“日讲”。相当于每十天之内，三天上朝，七天讲读，除了大寒、大暑，一概不得停止“日讲”。

隆庆六年八月十三日，日讲开始，为此，张居正立即呈上了《日讲仪注》八条。规定每天先读《大学》，再读《尚书》，再由讲关门用通俗的言语讲解古文大意。稍事休息后，皇帝处理各衙门的奏章，可随时召辅臣到跟前奏报，以便熟悉奏章事务。然后稍加休息，皇帝便开始练习书法。在中午之前，再由讲官主讲《资治通鉴》，将历代兴亡事实讲解透彻。此后，皇帝才可回宫。张居正还特别叮嘱，即便在三、六、九上朝的日子，也要自己温习功课。

为了传授历史上治国理政的经验教训，在隆庆六年底，张居正还亲自编纂了一部著名的教材——《帝鉴图说》。这本书选取历代帝王“善可为德”的事例八十一条，“恶可为戒”的事例三十六条，每一条有简短的文字，配有插图一幅。书名取自唐太宗的“以史为鉴”说，图文并茂，因此叫作“帝鉴图说”。此后，在很长的时间里，小皇帝朱翊钧把《帝鉴图说》放在座右，每逢讲读的日子，便叫张先生讲解。

到了万历五年（1573）正月初十，张居正建议小皇帝开始“经筵”。所谓“经筵”，是宋朝的创制，是为皇帝讲解儒家经典而特设的讲席。明初沿袭这一做法，不定期地举行；英宗时改为定期举行，每月三次（即初二、十二、二十二）。它的规格、仪式比“日讲”隆重得多。讲官们讲课之余，还可以大快朵颐地吃一顿。

对于“日讲”和“经筵”，小皇帝很认真，也很有领悟力。比如有一次，张居正讲到其中宋仁宗不喜欢珍珠、脂粉的事，小皇帝立即回应道：“国家珍宝，在于贤臣，把珠玉之类当作宝贝，没有益处。”张居正因势利导，讲英明的君主把五谷看得珍贵，把金玉看得低贱。小皇帝联系宫廷内部的现象回应说：宫中妇女只爱好化妆穿戴，朕每每节省逢年过节的赏赐，她们很有意见。朕应当反问她们一句：今日仓库有多少积蓄。张居正连连顿首，表示感动。

又有一次在文华殿上，皇帝与张居正、张四维讨论其中唐玄宗在勤政楼宴请安禄山的故事，君臣间便有一番对话。张居正教导万历皇帝要慎终如始，不要学习唐玄宗。可惜万历皇帝后期殆于政事，和唐玄宗倒有几分相似。

为了使小皇帝能够知人善任，万历二年十二月，张居正与吏部尚书张瀚、兵部尚书谭纶制作了一个特殊的屏风，当面画了全国疆域，登录了知府以上官员的姓名、籍贯，安放在皇帝座位旁边，供他随时审阅。小皇帝十分欢喜，当即把屏风安放在文华殿的后殿。这道屏风对初次执政的小皇帝，起到了很好的启蒙和督促作用。

对于“元辅张先生”的用心，小皇帝领会很深，为了显示积极主动治理国家的态度，特地命令工匠赶制出一块象牙牌，把自己亲手书写的十二件大事、三十六个字镌刻在牙牌上。文理虽然稚嫩，但能看出他想用很高的道德规范来激励自己。张居正对此表示大加赞赏。

从这些相处细节来看，皇帝和内阁首辅相处融洽的程度，堪称历朝罕见。樊树志先生还列举了一些事例，表明他们之间的关系已经超越君臣的界限，带有一点人情味。除了对张居正的健康屡有问候之外，还有一次，小皇帝专门赏赐张居正父母大红蟒衣一件，玉花坠七件、彩衣纱六匹，关照张府家僮送往荆州张居正老家。张居正收到，立即表示“恩出非常，感同罔极”，“士而知己，许身尚不为难；臣之受恩，捐躯岂足云报”，告知自己将立即派遣僮仆将赏赐归奉父母，作为传家宝。可以看出，少年万历皇帝对张居正乃至他的父母都关怀备至。

而这个时候的张居正，身兼首辅与帝师，在朝中有着无与伦比的地位和威权。沈德符在《万历野获编》就说：“（张居正时代）宫府一体，百辟从风，相权之重，本朝罕俪。部臣垂拱受成，比于威君严父，又有加焉。”这样高的权柄和威望，为万历新政的展开提供了有效的权力支撑。